מיסו כהה (Aka Miso), המכונה גם מיסו אדום, הוא מחית של פולי סויה ומשמש להכנת מרק מיסו יפני מסורתי, לרטבים ולתבשילים. להכנת מרק מיסו מומלץ להוסיף אצות וואקאמה וטופו. המיסו מכיל: מים, פולי סויה, אורז, מלח ואלכוהול 2%. הוא אינו מכיל צבעי מאכל ולא חומרים משמרים. לאחר הפתיחה יש לסגור היטב את האריזה, לשמור את המיסו בקירור ולצרוך תוך 30 ימים.